Sähkökirjojen kustannusrakenne on hyvin samankaltainen kuin painettujen kirjojen. Teknisestä toteutuksesta tulee kuitenkin uusia kustannuksia, joiden vuoksi sähköinen kustantaminen on kustantajalle paperista kalliimpaa.
Suurin osa kirjan kustannuksista ovat sähkökirjassa täsmälleen samat kuin painetussa. Sellaisia ovat kirjailijan tekijänpalkkio, kustannustoimittajan työ, taitto, kuvitus ja kääntäminen.
Sähkökirjan kustannuksista jäävät pois painamisen, varastoinnin ja fyysisen jakelun kustannukset. Tämän vuoksi syntyy helposti mielikuva, että sähkökirjan tuottaminen olisi kustantajille halvempaa.
Näin ei kuitenkaan käytännössä koskaan ole, koska sähkökirjan tekemisestä ja muuntamisesta eri lukulaitteisiin sopivaksi tulee uusia kustannuksia. Mikäli sähkökirjaan tulee ns. rikastettua sisältöä, kuten liikkuvaa kuvaa, ääntä tai pelillisyyttä, nousevat sen tuotantokustannukset moninkertaisiksi paperikirjaan verrattuna.
Sähköiset julkaisu-, markkinointi- ja maksujärjestelmät vaativat henkilöresursseja ja investointeja. Tekijänoikeuksien valvonta ja suojeleminen on uusi sähkökirjoihin liittyvä menoerä.
Koska kirjasta kuitenkin tehdään myös melkein aina paperinen versio, jäävät nämäkin kustannukset edelleen kustantajan kannettaviksi.