Sähkö- ja äänikirjojen tuottamisen kustannusrakenne on hyvin samankaltainen kuin painettujen kirjojen.
Useimmat kirjan tuottamiseen liittyvistä kustannuksista ovat digitaalisessa kirjassa täsmälleen samat kuin painetussa. Sellaisia ovat kirjailijan tekijänpalkkio, kustannustoimittajan työ, taitto, kuvitus ja kääntäminen. Teknisestä toteutuksesta tulee kuitenkin kustannuksia, joiden vuoksi sähköinen kustantaminen on kustantajalle paperista kalliimpaa.
Digitaalisen kirjan kustannuksista jäävät pois painamisen, varastoinnin ja fyysisen jakelun kustannukset. Tämän vuoksi syntyy helposti mielikuva, että sähköisen kirjan tuottaminen olisi kustantajille halvempaa.
Näin ei kuitenkaan käytännössä koskaan ole, koska sähköisen kirjan tuottamisesta ja muuntamisesta eri lukulaitteisiin sopivaksi tulee uusia kustannuksia. Mikäli sähkökirjaan tulee ns. rikastettua sisältöä, kuten liikkuvaa kuvaa, ääntä tai pelillisyyttä, nousevat sen tuotantokustannukset moninkertaisiksi paperikirjaan verrattuna. Äänikirjan äänittäminen on merkittävä kuluerä: ääneenlukijan palkkion ja studiokulujen lisäksi käsikirjoitus on yleensä muokattava äänikirjaa varten ja laadittava ääneenlukijalle ohjeet.
Sähköiset julkaisu-, markkinointi- ja maksujärjestelmät vaativat henkilöresursseja ja investointeja. Tekijänoikeuksien valvonta ja suojeleminen on uusi digitaalisiin kirjoihin liittyvä menoerä.
Koska kirjasta kuitenkin yleensä tehdään myös painettu versio, jäävät painatukseen liittyvät kustannukset edelleen kustantajan kannettaviksi.